회사가 취업규칙이나 내규 등을 통해 '사전 신청'이나 '사용자의 승인' 규정을 둔 경우에는 다르게 판단한 경우도 있다.
과거 대법원은 사용자의 연차휴가 승인 규정을 어기고 승인 없이 일방적으로 연차 신청을 한 후 출근하지 않은 경우 '무단결근'이라고 판단한 바 있다(92다7542). 법원은 해당 취업규칙을 "사용자에게 주어진 시기 변경권을 적절하게 행사하기 위한 규정"이라고 봤다. 또 회사와 다투고 출발 20분 전 연차 신청서를 관리자 책상 위에 올려두고 퇴근한 버스 기사를 해고한 사례에서는 "3일 전까지 회사에 사용계획서를 제출해야 한다는 취업규칙에 어긋났다"며 징계 사유가 된다고 본 하급심 판결도 있다(2020구합50225).
전문가들은 회사 '취업규칙' 등에 연차사용 신청 절차를 사전에 세부적으로 정해놓는 게 중요하다고 조언한다. 다만 관련 규정이 연차휴가 사용을 통제할 목적이거나 사회통념을 넘어서 과도한 경우(무조건 한 달 전 신청, 승인 없이는 사용 불가 등)라면 해당 규칙이 시기 지정권을 과도하게 제한하는 근로기준법 위반이 될 수 있다는 게 전문가들의 설명이다.